MUSIM 1Kisah bermula saat BoBoiBoy datang untuk berlibur di Pulau Rintis dengan tujuan asal untuk membantu kakeknya Tok Aba menjaga warung cokelatnya. Di situlah ia bertemu dengan Adu Du Probe dan Komputer yang datang ke Bumi untuk mencari cokelat sebagai sumber tenaga, dan pada waktu yang sama dia menemui Ochobot dari kapal angkasa adu du yang memberikannya kuasa super yang memanipulasi tiga elemen. BoBoiBoy turut berkawan baru dengan Ying, Yaya dan Gopal dan mereka turut menerima kuasa super tersendiri daripada Ochobot untuk menangkis berbagai ancaman oleh kelompok Adu Du ke atas Bumi.
Bagian cerita dilengkapi lagi dengan keluarnya tokoh permainan video bernama Papa Zola yang berjiwa baik dan mencuit hati dari permainan video. Akhir dari musim pertama adalah sebelum BoBoiBoy pulang ke ibu kota, dia menang dalam melawan Adu Du dengan Robot Pemusnah Mulakakus (yang diperoleh dari penggadaian kapal angkasanya)
http://ms.wikipedia.org/wiki/BoBoiBoy
